Mustafa Kemal, yedi yaşına girdiğinde ailesi onu okula yollamaya karar verir. Ancak Ali Rıza Efendi ile Anne Zübeyde Hanım çocukları Mustafa’yı hangi okula yollayacakları konusunda hem fikir değillerdi. Zübeyde Hanım Oğlunun Mahalle Mektebi’ne gitmesini isterken Baba Ali Rıza Efendi Mustafa’yı Şemsi Efendi Mektebi’ne yollamak ister. Sonuçta Mustafa Kemal, 1887 yılında başladığı ilköğrenimine annesinin arzusuna uyarak Mahalle Mektebi’nde başlar. Fakat çok geçmeden babasının isteği doğrultusunda Selanik’te çağdaş eğitim yapan Şemsi Efendi Mektebi’ne geçer ve ilköğrenimini burada bitirir. Şemsi Efendi, yeni öğrencisinin yeteneklerini ve zekâsını takdir ettiğinden, küçük Mustafa’nın kendi okulunda bulunmasından gayet memnun kalmıştır.

Küçük Mustafa, bu okulda okurken babası öldü. Ali Rıza Efendi’nin ölümü üzerine, Zübeyde Hanım üç çocuğu ile bir süre Selanik yakınlarındaki Lankaza’da bulunan Rapla çiftliğinde subaşılık yapan kardeşi Hüseyin Efendi’nin yanına yerleşti. Çiftlik hayatı nedeniyle küçük Mustafa’nın öğrenimi ister istemez bir süre aksamıştı. Fakat çok geçmeden Selanik’e dönerek halasının yanında, bıraktığı yerden öğrenimine devam etmiştir.

Küçük Mustafa, Şemsi Efendi Mektebi’nden sonra bir süre Selanik Mülkiye Rüştiyesi’ne devam etti ise de Kaymak Hafız adlı Arapça öğretmeninin kendisine haksız yere sopa ile vurması üzerine bu okuldan ayrıldı ve 1894 yılının Temmuz-Ağustos aylarında kendi kararı ile Askerî Rüştiye’ye müracaat ederek öğrenimine burada devam etti. Yazları, dayısı Hüseyin Efendi’nin yanına gider, okul zamanına kadar çiftlikte kalırdı. Mustafa, bu okulu gerçekten sevmişti. Arkadaşları arasında zekâsı ve üstün yetenekleri ile kısa zamanda kendisini gösterdi ve öğretmenlerinin sevgisini kazandı.

Bu okulda matematik öğretmenliği yapan Yüzbaşı Mustafa Efendi, genç öğrencisinin yetenekleri ve zekâsı karşısında sınıftaki diğer Mustafa’larla aralarındaki farkı belirtmek üzere öğrencisinin adının sonuna “Kemal” ismini ilâve etti. Artık genç öğrenci Mustafa Kemal olmuştu.

Mustafa Kemal, Selanik Askerî Rüştiyesi’ni bitirdikten sonra 13 Mart 1896′da Manastır Askerî İdadisi’ne girdi. Burada Ömer Naci ile arkadaşlık etti. İlerde ünlü bir hatip olarak tanınacak olan bu kişi, Mustafa Kemal’in hitabet ve edebiyat sevgisinde önemli rol oynadı. Yakın arkadaşlarından biri olacak Ali Fethi (Okyar) de bu okulda öğrenci idi. Genç Mustafa Kemal, askerî öğreniminin yanı sıra yabancı dil öğrenimini de ihmal etmiyor; yazları izinli olarak Selanik’e döndüğü zaman Fransızca dersleri alıyordu.

Genç Mustafa Kemal, Manastır Askerî İdadisi’ni de başarı ile bitirerek 13 Mart 1899 tarihinde İstanbul’da Harp Okulu’na girdi. 3 senelik başarılı bir Harbiye öğreniminden sonra 10 Şubat 1902′de bu okulu Teğmen rütbesiyle bitirdi ve öğrenimine Harp Akademisi’nde devam etti.1903 yılında Üsteğmen olmuştu. 11 Ocak 1905 tarihinde de Kurmay Yüzbaşı rütbesiyle Harp Akademisi’nden mezun oldu.

Harp Okulunda ve Harp Akademisi’nde de zekâsı, yetenekleri ve üstün kişiliği ile kendisini arkadaşlarına ve hocalarına tanıtmış, onların içten sevgi ve saygısını kazanmıştı. Askerlik derslerine büyük ilgisi yanında matematiğe, edebiyata ve güzel söz söylemeye karşı da merakı ve eğilimi vardı. Harbiye’de ve Harp Akademisi’nde, memleket ve millet davaları ile ilgilenmesi, düşüncelerini cesaretle ifadeden çekinmemesi sebebiyle aydın ve inkılâpçı bir subay olarak tanınmıştı. Devir istibdat idaresi idi ve bu davranışları aleyhine olabilirdi; ancak çevresince gerçekten çok sevilmesi, düşüncelerinde samimî oluşu, onun herhangi bir tertibe kurban gitmesini önlemişti. Bununla beraber Harp Akademisi’nden mezuniyetini izleyen günlerde istibdat ve padişahlık rejimi aleyhindeki düşünceleri ve durumu, şüphe çekerek birkaç ay İstanbul’da tutuklu kaldı; sonra bir nev’i sürgün olarak vazife ile 5 Şubat 1905 tarihinde Suriye bölgesine, Şam’a atandı.